生物计算“奥赛”四大冠军团队：当生命科学遇上史诗级AI，何去何从？

人们普遍认为，人工智能曾经历过两次热潮，现在迎来了第三次热潮。

1956年8月，在美国汉诺斯小镇的一所学府中，十位来自数学系、计算机系、物理系的学者和凑在一起，讨论着一个完全不食人间烟火的主题：用机器来模仿人类智能。

会议足足开了两个月的时间，虽然大家没有达成普遍的共识，却为会议讨论的内容起了一个名字：人工智能。

因此，1956年也就成为了人工智能元年。

此后的十几年里，关于这项创新技术的讨论不止不休，科学家们却窘然发现，这一技术最终只能解决拼图以及一些简单的游戏。甚至不少人戏谑人工智能的命名者John McCarthy，“他只能聊，没干货。”

20世纪70年代，人工智能陷入低潮。如今半个世纪过去，人工智能技术在1980年代和2010年代两度掀起热浪，又两度遇冷渐熄。不少学者直言：“坐上了学术冷板凳，就要耐得住寂寞。”

实际上，如果仔细比对这段历史会发现，几乎每一次浪潮兴衰都关乎同一命题：“人工智能”能否带来实用性成果。

在决定人类前途命运的生命科学领域，这一问题尤为迫切。

幸运的是，这两年来，这一领域终于有了实质性突破：

2020年11月，DeepMind开发的AlphaFold2，预测出了2亿多蛋白质的结构宇宙，生物计算技术达到了人类利用传统实验技术的预测水平。

2021年10月，DeepMind又推出AlphaFold-Multimer，用于蛋白质复合物的预测，特别是对结合界面结构的预测，可以预测多达几千个残基的复合物。

2022年11月，在素有生物计算领域“奥运会”之称的CASP15赛上，首设蛋白质复合体预测、RNA结构预测两大赛道，华人团队表现亮眼。

诸如：

成立于2021年4月的智峪生科，熊鹏、王晟带队获RNA结构预测第一名；

江苏理工学院生物信息与医药工程研究所所长常珊，带队获蛋白质-小分子配体复合物结构预测组第一名；

浙江工业大学信息工程学院教授张贵军教授，带队获准确性赛道复合物接触残基精度评估第一名；

山东大学数学与交叉科学研究中心杨建益教授，带队获蛋白质单体结构预测组第一名；

密歇根大学计算医学和生物信息学系博士后研究员郑伟，获蛋白质单体单结构域、蛋白质单体多结构域、蛋白质复合体结构预测类别等赛项第一名。

如果说以上战绩还仅仅停留在“发现”层面，那么近期蛋白质设计技术“狂飙”，则直接进入到“发明”阶段。

去年12月1日，华盛顿大学David Baker团队发布了RFDiffusion、同日波士顿蛋白质设计公司Generate Biomedicines发布了扩散蛋白生成模型Chroma、同月Meta发布基于150亿参数的ESM2语言模型。今年年初，加州伯克利一家初创公司Profluent采用类似ChatGPT的蛋白质工程深度学习语言模型——Progen，最近国内天壤团队也自研了一款扩散模型TRDiffusion，多种人工设计的非天然蛋白质已进入实验验证阶段。

这不难让人想到，日前结束的第41届JP摩根医疗健康大会上，科技公司Nvidia的报告指出，“或许很快，基于AlphaFold2精准解析蛋白质三维结构，再加上能从头生成人工蛋白质设计技术，就会给生物学领域带来一场新的变革。”

回顾往昔，人工智能再不是“阳春白雪”的代名词，科学技术要“接地气”，而不久的将来，每个人都将成为这场产业变革的见证者。

为了更加深入、系统地讨论生命科学技术的落地，2月23日（本周四20：00），我们将举办主题为《生物计算“奥赛”四大冠军团队：当生命科学遇上史诗级AI，何去何从？》的线上圆桌论坛。

智峪生科董事长，CEO王晟担任主持、密歇根大学计算医学及生物信息学系郑伟、浙江工业大学信息工程学院张贵军教授、江苏理工学院生物信息与医药工程研究所常珊教授、智峪生科CTO熊鹏共同参与讨论。

读者可扫描文章底部海报的二维码，添加策划人吴彤微信（微信号：icedagunaing），备注“姓名+职位”，后续我们会邀请您进入专家社群，并将您的问题收集、汇总，反馈给参会嘉宾，在讨论环节进行解答。

嘉宾介绍

讲座预约丨生物计算“奥赛”四大冠军团队：当生命科学遇上史诗级AI，何去何从？

主持人：上海智峪生科CEO，王晟

现任上海智峪生科CEO。

王晟博士拥有近20年蛋白质结构研究及算法开发经验，本科毕业于上海交通大学生命科学院，并在中科院理论物理所获得博士学位，博士后研究师从芝加哥丰田计算技术研究所教授许锦波，作为核心开发者开发出RaptorX-Contact方法。该方法的蛋白质预测精度最高达到80%。2022年5月，王晟正式加入智峪生科担任CEO，此前他是腾讯AILab的高级研究专家，主导开发了tFold工具。

王晟博士在国际知名期刊上发表论文60 多篇，会议论文近30篇，包括计算生物的知名会议ISMB、RECOMB、ECCB等，以及计算机视觉/机器学习领域知名会议CVPR、AAAI等。Google Scholar引用接近5000次，H-index为28。凭借在生物信息技术与合成生物学领域的成就，入选美国斯坦福大学发布2021年度“全球前2%顶尖科学家榜单”。

江苏理工学院生物信息与医药工程研究所，常珊

江苏理工学院生物信息与医药工程研究所所长，教授，硕导、江苏省生物信息学专业委员会委员、美国密苏里大学哥伦比亚分校博士后、江苏省生物医学工程学会教育与科普专委会委员、《数据采集与处理》第七届编委会委员、CASP15中获蛋白质-小分子配体复合物结构预测组第一名。

常珊教授主要研究方向为人工智能辅助药物设计、机器学习、高性能计算和分子识别、脑机接口和穿戴式智能设备等。

曾多次参加由欧洲分子生物学实验室和欧洲生物信息研究所发起的国际生物大分子相互作用预测竞赛（CAPRI），排名位居国际前列。在国内外期刊及会议上发表学术论文120余篇，被SCI检索90篇，EI检索30篇，Googlescholar引用超过1400次，H指数为21，获得软件著作权15项，申请发明专利33项(授权9项)，参与出版专著3部，译著1部。主持国家自然科学基金等各类项目十余项。

密歇根大学计算医学和生物信息学系博士后研究员，郑伟

密歇根大学计算医学和生物信息学系博士后研究员，CASP15中获蛋白质结构预测等赛项第一名。

郑伟博士本硕博毕业于南开大学，先后师从胡刚教授，阮吉寿教授，学习蛋白质结构生物信息学基础。2015年后，博士最后两年，在密西根大学张阳教授实验室进行访问交流，2017年博士毕业后在密西根大学张阳教授实验室，继续从事AI辅助蛋白质结构预测等相关研究。

郑伟博士主要研究兴趣涉及蛋白质结构预测、蛋白质功能注释。其主导开发的C-I-TASSER、C-QUARK、D-I-TASSER、DMFold-Multimer等算法相继在第13、14、15届世界蛋白质结构预测大赛（既CASP）中多次获得多项赛事第一名。基于这些算法构建的在线服务器，已为世界100多个国家6万多用户提供过关于蛋白质结构方面的服务。

郑伟博士在Nature Communications、PNAS、Science Advances、Nucleic Acids Research、Bioinformatics，Briefings in Bioinformatics等SCI期刊发表论文50多篇。Google Scholar引用接近1700次，H-index为21。

浙江工业大学信息工程学院，张贵军教授

浙江工业大学信息工程学院教授，博士生导师，浙江省高等学校中青年学科带头人，浙江省生物信息学学会秘书长、理事，浙江省生物信息学学会人工智能专委会主任，CASP15中获准确性赛道复合物接触残基精度评估第一名。

张贵军教授本硕毕业于太原理工大学，2004年获上海交通大学获博士学位，2004年至今在浙江工业大学信息工程学院任教。目前主要研究方向为结构生物信息学、人工智能与计算智能。

近5年来，主持科技部科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目课题2项、国家重点研发项目子课题1项、国家自然科学基金项目2项、浙江省自然科学基金重点项目1项；第一作者（含通讯作者）在PNAS、Communications Biology、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、BIB、JCIM等生物信息学期刊，TEVC、TCYB、TCBB、TNB等IEEE汇刊上发表研究论文50多篇；授权发明专利近100项，其中专利转化10项；获得中国自动化学会自然科学二等奖1项；带领课题组开发了SADA系列、PAthreader、DeepUMQA系列、MMPred、SNfold、DomBPred、MPDB等服务器、数据库及工具软件20余项。