新冠病毒株已发生了 149 个突变点，可归类为 L 和 S 两个亚型！

一个不可否认的事实是，新冠病毒还在以我们不可知的方向变化着，面对胜过 SARS 病毒的新冠病毒，科研人员最担心的事情还是来了。

3 月 3 日，中国科学院主办的《国家科学评论（ National Science Review ）》发表题为《关于 SARS-CoV-2 的起源和持续进化（ On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2）》的论文。

论文对目前为止最大规模的 103 个新冠病毒全基因组分子进化分析，发现病毒株已发生了 149 个突变点，其中 101 个可归类为 L 和 S 两个亚型。其中 S 型是相对更古老的版本，而 L 亚型更具侵略性，传染力更强。从占比上看，L 亚型更为普遍，达到 70% ，S 亚型占 30% 。

对此，不少网友也表示担心：“我怀疑这个病毒有智商”。

新冠病毒可能分为两种类型，并非近期突变

值得注意的是，今日午间，据界面新闻报道，行业媒体 BioArt 团队分析了相关科研团队的研究后表示：有媒体所称的“新冠病毒已突变”系误读，正确理解应该为：新冠病毒可根据基因组不同的突变位点分为 L 、S 两个类型，但这两个突变型在病毒爆发的早期可能就已存在，并非近期突变而成。

所以，究竟是怎么回事呢？这恐怕还要回到论文本身。

S 亚型是 L 亚型的“祖先”，未发生重组？

此次研究共选取了 103 个病毒基因组序列，发现病毒株已发生了 149 个突变点，其中包括 43 个同义突变( synonymous mutation )和 83 个错义突变( nonsynonymous mutation )，而 70% 的病毒序列具有7 个相同的正义突变，外加 1 个相同的错义突变( L84S )，从而影响了病毒 6 个蛋白质的功能。

103个新冠病毒毒株的衍生突变频谱分析，橘黄色为非同义突变、绿色为同义突变（图来源自论文）

研究将这 70% 具有这些突变的病毒分类成为了 SARS-CoV-2 的 L 亚型 ( L 来源于错义突变 L84S)；而 S84L 的则被称为 S 亚型。

论文作者认为，根据新型冠状病毒的演变方式推测，L 亚型和 S 亚型的传播能力、致病严重程度或许存在较大区别。

为了进一步研究 L 型和 S 型菌株之间的关系，研究人员根据 103 种 SARS-CoV-2 病毒的全基因组序列重建了它们的进化树 ( phylogenetic tree)。

由此进一步确证了这两种亚型的差异。

在 SARS-CoV 家族中，其它较早病毒的序列均为 S84L 。因此，研究认为目前在流行的 L 亚型是 S 亚型进化而来的，S 亚型实际上是 L 亚型的“祖先”。

值得注意的是，研究分析认为两个亚型并没有发生自然界的循环重组；SNP 分析进一步确认了这种谱系分类，72 个病毒序列为 T28144，即编码 L；29 个病毒序列为 C28144，即编码 S。L 型是 T 碱基(对应亮氨酸，Leu)，S 型是 C 碱基(对应丝氨酸，Ser)。

通过与其他冠状病毒比较，作者发现 S 亚型新冠病毒与蝙蝠来源的冠状病毒在进化树上更接近，从而得出 S 亚型相对更古老的结论。

L 亚型在武汉暴发的早期阶段更为普遍，而 L 亚型的发生频率在 2020 年 1 月初后有所下降。作者认为，人为干预可能对 L 亚型施加了更大的选择性压力，如果没有这些干预，L 亚型可能更具侵略性和扩散得更快速。另一方面，由于选择压力相对较弱，在进化上较老且攻击性较小的 S 型可能在相对频率上有所增加。

一个很自然的推论是：相对古老的 S 型新冠病毒应该产生更多的病毒株，因其有更多的时间在人群中传播。然而，基因组数据表明 L 型占 70% ，S 型占 30 %，且每个 L 型病毒株比 S 型携带了相对较多的新生突变。为什么相对年轻的 L 型新冠病毒却产生了更多的病毒株？作者推测，L 型病毒传播能力更强，或者在人体内复制更快，因此可能意味着其毒力也更大。

作者进而比较了 1 月 7 日前后 S 型和 L 型所占比例的变化，他们发现 L 型在病毒株中的比例下降，而 S 型比例上升。对于这一有些反常的变化，作者也给出了自己的假设——因为中国采取了强有力的防疫措施，L 型病毒的患者可能更容易表现出症状，因而更容易受到人工干预，从而使 L 型新冠病毒受到的负选择压力更大，感染的人数由此变少。

除此之外，这 103 个样本显示，大部分患者只感染了 L 亚型或 S 亚型中的一个。但其中一位近期有过武汉旅行史的美国患者分离出的病毒株，显示其可能同时感染了 L 亚型和 S 亚型新冠病毒。不过，作者表示目前还无法排除新突变型的可能性。

总体而言，这项研究通过 103 个 SARS-CoV-2 的基因组分析，首次系统阐述了病毒在人群传播过程中的演化动态。同时，作者也指出这些发现意味着，目前迫切需要结合基因组数据、流行病学数据和 2019 年冠状病毒患者临床症状图表记录，进行进一步的全面研究。